2009年3月11日，注定是穆勒值得纪念的一天，拜仁在这一天和来访的里斯本竞技进行欧冠八分之一决赛第二回合比赛，首回合50的比分让晋级资格已经失去了悬念，但拜仁依旧在主场71横扫对手，穆勒也迎来了自己的欧冠处子秀，他在最后时刻替补登场，结果很快便打入拜仁的最后一球，为球队锁定胜局对一名新星而言，恐怕没什么比；2平2负，复赛之后美因茨未尝胜绩，拜尔洛泽尔的球队
